อุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ นับว่าเป็นแหล่งกำเนิดของต้นน้ำลำธารที่ทำให้เกิดปรากฎการณ์ทางธรรมชาติ ที่เป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญเนื่องจากมีน้ำตกที่สวยงามมีทั้งน้ำตกน้อยใหญ่ซึ่งเกิดขึ้นกลายแห่ง ซึ่งได้ดำเนินการสำรวจและทำเส้นทางเดินเท้าไปถึงแล้วประมาณ 30 แห่ง โดยแต่ละแห่งมีความสายงามแตกต่างกันไปตามสภาพธรรมชาติของภูมิประเทศ
น้ำตกทั้ง 2 แห่ง เป็นน้ำตกขนาดใหญ่อยู่ในพื้นที่จังหวัดนครนายก มีชื่อเสียงมาช้านาน ตั้งแต่ก่อนการจัดตั้งอุทยานฯ การเดินทางไปยังน้ำตกทั้ง 2 แห่งนี้ ทำได้โดยสะดวกเพราะมีถนนลาดยาง แยกจากถนนสวรรณศรเข้าไปประมาณ 20 กิโลเมตร
น้ำตกกองแก้ว อยู่ห่างจากศูนย์บริการนักท่องเที่ยวประมาณ 100 เมตร เป็นน้ำตกเล็ก ๆ ที่เกิดจากห้วยลำตะคอง ในฤดูฝนจะดูสายงามมากเหมาะสำหรับการเล่นน้ำ ใกล้บริเวณน้ำตกจะมีสะพานแขวนข้ามลำห้วย 2 สะพาน นอกจากนี้ยังมีห้วยลำตะคองเป็นแนวเขตเบ่ง 2 จังหวัด คือ จังหวัดนครนายก และจังหวัดนครราชสีมา
น้ำตกผากล้วยไม้ เป็นน้ำตกขนาดกลาง ที่อยู่ในห้วยลำตะคองเช่นเดียวกัน ห่างจากที่ทำการอุทยานฯ ประมาณ 7 กิโลเมตร สามารถเข้าถึงได้โดยทางรถยนต์และทางเดินเท้า น้ำตกผากล้วยไม้หวายแดงขึ้นอยู่ ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของน้ำตกแห่งนี้
น้ำตกเหวสุวัต เป็นน้ำตกที่มีชื่อเสียงมากจนเป็นที่รู้จักของประชาชนโดยทั่วไป น้ำตกเหวสุวัตนี้อยู่สุดถนนธนะรัชต์หรือจะเดินเท้าต่อจากน้ำตกผากล้วยไม้ไปก็ได้ ประมาณ 3 กิโลเมตร มีลักษณะเป็นสายน้ำตกลงมาจากหน้าผาประมาณ 20 เมตร บริเวณด้านล่างของน้ำตกเป็นแอ่งน้ำและลำธารเหมาะที่จะลงเล่นน้ำในช่วงฤดูฝนน้ำจะมากและไหลแรง และค่อนข้างเย็นจัด
น้ำตกเหวนรก เป็นน้ำตกขนาดใหญ่และสูงที่สุด อยู่ทางด้านทิศใต้ของอุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ มีทั้งหมด 3 ชั้น ชั้นแรกสูงประมาณ 60 เมตร เมื่อน้ำไหลผ่านหน้าผาชั้นนี้ จะมีไหลลงสู่หน้าผาชั้นที่สองและที่สามที่อยู่ถัดลงไปใกล้ ๆ กัน ลักษณะของน้ำตกมีการไหลตกประมาณ 90 องศา รวม ความสูงไม่ต่ำกว่า 150 เมตร เป็นสายน้ำที่ไหลทะลักไปสู่หุบเหวเบื้องล่าง ในฤดูฝนน้ำจะไหลแรงมากจนดูน่ากลัว
น้ำตกไม้ปล้อง เป็นน้ำตกที่พบมานาน ได้รับการปรับปรุงให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวแห่งใหม่ มีทั้งหมด 5 ชั้น ลดหลั่นกันลงมา ชั้นสูงสุดไม่เกิน 12 เมตร มีลักษณะคล้ายคลึงกับน้ำตกเหวนรกและเหวสุวัต ความงามตลอดเส้นทางเดินเท้าประกอบด้วย โขดหินเล็กใหญ่และลำธารที่สวยงาม การเดินทางไปน้ำตกแห่งนี้เริ่มต้นวังตะไคร้ โดยการเดินเท้าตามเส้นทางเดินระยะทางประมาณ 24 เมตร
น้ำตกวังเหว เป็นน้ำตกขนาดใหญ่มีความกว้างประมาณ 40-60 เมตร มนฤดูฝนน้ำมากและไหลแรง อยู่ห่างจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ขญ. 6 (บุพราหมณ์ใน) ประมาณ 17 กิโลเมตร อยู่ใจกลางป่าทางด้านทิศตะวันออกของอุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ การเดินเท้าใช้เวลาในการเดินทางถึง 2 วัน
น้ำตกตะคร้อ, น้ำตกสลัดได, น้ำตกพันธุ์ทิพย์ เป็นน้ำตกขนาดเล็กที่สวยงามอยู่ใกล้กับที่ทำการหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ขญ. 7 (ลำพระยาธาร)
น้ำตกแก่งกฤษณา น้ำตกเหว น้ำตกจักจั่น น้ำตกเหวอีอ่ำ เป็นน้ำตกขนาดเล็กและขนาดใหญ่ที่มีความงดงามไม่แพ้แห่งอื่น ๆ โดยเฉพาะน้ำตกเหวอีอ่ำมีความสูงประมาณ 25 เมตร
น้ำตกผาไทรคู่ และน้ำตกผากระชาย เป็นน้ำตกขนาดกลางที่เกิดจากห้วยโกรกแค้บริเวณเขาแหลมอยู่ทางด้านทิศเหนือของอุทยานฯ อยู่ห่างจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ขญ. 2 (ผากระดาษ) ประมาณ 12- 15 กิโลเมตร มีความสูงประมาณ 15 เมตร
น้ำตกแก่งหินเพิง เป็นน้ำตกขนาดเล็กที่อยู่ไม่ไกล ประมาณ 5 กิโลเมตรจากหน่วย พิทักษ์อุทยาแห่งชาติที่ ขญ. 2 (ผากระดาษ) เป็นสถานที่ท่องเที่ยวประจำถิ่น
น้ำตกเหวไทร เป็นน้ำตกอีกแห่งหนึ่งที่อยู่ใต้ถัดไปจากน้ำตกเหวสุวัตห่างน้ำตกเหวสุวัตประมาณ 700 เมตร น้ำตกนี้มีลักษณะเป็นหน้าผากว้างเต็มลำห้วย สูงประมาณ 5 เมตร
น้ำตกเหวประทุน เป็นน้ำตกที่อยู่ในห้วยลำตะคองอีกแห่งหนึ่ง ซึ่งอยู่ถัดจากน้ำตกเหวไทรประมาณ 2 กิโลเมตร
น้ำตกวังมะนาว เป็นน้ำตกขนาดเล็ก ๆ ที่สวยงามอีกรูปแบบหนึ่ง อยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงใต้เดินไปตามเส้นทางเดินเท้าออกจากด้านหลังอาคารโภชนาการเก่าของที่ทำการอุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ ประมาณ 6 กิโลเมตร
น้ำตกนี้อยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ของอุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ เกิดจากห้วยระย้า เป็นน้ำตกที่มีลักษณะเป็นโขดหินและลานหินที่มีน้ำไหลหลั่นเป็นทอดลาดเอียงไปข้างล่างประมาณ 100 เมตร
น้ำตกตาดตาคง เป็นน้ำตกที่งดงามและสูงอีแห่งหนึ่ง ซึ่งอยู่ถัดไปจากน้ำตกตาดตาภู่ประมาณ 4 กิโลเมตร การเดินทางจะเริ่มต้นที่ด้านหลังอาโภชนาการ ททท. เขาใหญ่ รวมระยะทางประมาณ 15 กิโลเมตร หรือเริ่มต้นที่ กม. 55 ถนนเขาใหญ่-ปราจีนบุรีก็ได้ ระยะทางประมาณ 6 กิโลเมตร